银河星尘

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GLIDE-蛋白质的预处理(protein preparation)
1.Maestro鼠标基本操作
右键拖放–平动分子
按住滑轮拖放–旋转分子
左键–选择键
右键+滑轮拖放–分子视图放大与缩小
2.一步一步对要对接的蛋白进行处理
1). 输入一个蛋白/配体分子复合物的结构，一般是PDB格式的。这一步需要的是一个蛋白/配体分子的复合物（DOCK6.1中也需要一个参考小分子的）。
2). 保留一些必要的水分子，去掉一些不必要的水分子。一般情况下是把所有的水分子都给去掉的，但是有些水分子对配体与受体蛋白之间的连接有一个桥梁作用，还是要留下来的，这些保留下来的水分子能正确定向也是很重要的。蛋白预处理的过程中，氧原子会自动给加上氢的。
3). 对多聚复合体的简化。如果这个蛋白/配体复合物是二聚体或者多聚体，一般会有一些重复的结合活性位点，当然还有多余的重复蛋白链也是多余的。所以对这些重复的以及多余的要删掉。
4).调整蛋白，金属离子，辅因子。对于蛋白最常见的错误就是残基不完整，要是这些错误出现在离活性位点较远的地方，一般影响不大。要是出现在活性位点附近，还是要修正一下的。对于金属和蛋白之间的键一般要去掉的，并加上有效电荷。如果有需要要将辅因子的键级和有效电荷加以调整。
5). 如果有俩配体存在俩活性区域，那么这俩配体的键级都要进行修正。
6). 运行蛋白的预处理。打开”Protein Preparation”面板，鼠标选取配体，选择合适的设置，点击”Start”. “Protein Preparation Start”对话框打开。在”Name”文本框里敲入一个文件名(自己设置)。
7). 重新检查处理的结果。

---

http://stat3.blog.sohu.com/75963485.html
五款对接软件比较中，还是GLIDE比较好，正在体验中。

由于D版的Surflex出现问题，所以无法体验比较可惜，只好用一下GLIDE，不过感觉挺好的，速度很快。

Program | Number of results
| High- Medium- Inaccurate
| accuracy accuracy
—————————————
Glide | 39 24 5
GOLD | 47 13 8
LigandFit| 24 35 10
FlexX | 26 18 25
DOCK | 4 19 45

Maestro7.5的安装：

Install the suite, for example in /home/username/schrodinger
(so for the rest of the instructions, = /home/username/schrodinger)

Copy ‘license’, ‘flexlmstart.sh’ and ‘flexlmstop.sh’ to and overwrite (make sure flexlmstart.sh and flexlmstop.sh have executable permission)

Copy ‘SHROD’ to /mmshare-v15113/bin/Linux-x86 and overwrite (make sure SHROD has executable permission)

Edit your startup shell script (here for example it’s .cshrc) and add the following environment variables (the format might be different depending on the shell; .bashrc, .cshrc, .login, .shrc, .tcshrc, .zshrc, etc.):

setenv SCHRODINGER
set path = ($path )

Close/Restart the shell, or source .cshrc

Verify that the variables are properly set by typing the following commands:
echo $SCHRODINGER
echo $path

Run flexlmstart.sh

Start the main application with: maestro

Note: maestro will not run if it’s launched from /mmshare-v15113/bin/Linux-x86 so make sure you launch it from a different dir.

Enjoy!

P.S. We included flexlmstart.sh to simplify the FLEXlm License Server startup. You only need to run it once after a computer reboot.
Run flexlmstop.sh if you wish to shutdown the server.

To run the license server manually, type: licadmin SERVERUP
To shutdown the license server manually, type: licadmin SERVERDOWN -q -vendor SCHROD
安装及使用方法：
1.将下载好的[医药软件].TLF-SOFT-Schrodinger.Suite.2007.iso.TBE.bin文件载入虚拟光驱。如无法载入虚拟光驱，建议使用UltralISO将其转换成iso格式文件，再载入虚拟光驱。把schroedinger-suite 2007安装到任意盘的根目录下
2.将软件包中crack目录下的license_server.dat 复制到软件安装目录下的\mmshare-v16109\bin\WIN32-x86\下，再在该目录下将license_server.dat复制一份命名为license.dat，然后在该目录下新建文件cmd.txt，输入cmd.exe /k lmgrd -z -c license.dat后保存文件，把文件名改为cmd.bat，发送快捷方式到桌面上
3.打开控制面板的系统项，在高级选项卡里点开环境变量，新建系统变量SCHROD_LICENSE_FILE值为@localhost
4.复制软件包中crack目录下的schroedinger_2007_patcher.exe到软件的安装目录并执行
安装过程完成，运行时先双击执行发送到桌面上的cmd.bat（可改成其它名称）不要关闭它，然后运行桌面上的Maestro-v8.0，OK!
有问题欢迎联系
以上是2007版在windows下的安装，在这种情况下装Xfree86， 原来机子里必须是没有装过cygwin的，否则xfree可能会出现问题！！！

Tags: Linux, Note

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